师资

苑秋月博士,南方科技大学助理教授,博士生导师。2016年本科毕业于北京师范大学数学与应用数学专业,2021年获得中国科学院数学与系统科学研究院运筹学与控制论博士学位;随后在美国克莱姆森大学人类遗传学中心从事博士后研究,专注于在单细胞多组学上构建基因调控网络;2025年2月加入南方科技大学医学院。研究结合了数学建模、人工智能和生物多组学数据,致力于揭示基因调控的动态机制及其在精准医学中的应用。迄今已发表多篇高质量学术论文,包括以第一作者(含共同第一作者)身份在 Nature Biotechnology、Genome Biology、Nature Communications 等国际期刊的科研成果。
研究领域
1. 开发可解释的人工智能模型,单细胞多组学数据解析基因调控网络,推动精准医学和个性化治疗的发展。
2. 从调控的角度揭示细胞命运决定的分子机制。
3. 结合优化算法和机器学习,解决生物医学中的复杂数据分析问题。
教育背景
博士:运筹学与控制论,中国科学院数学与系统科学研究院,2016年9月-2021年6月
本科:数学与应用数学,北京师范大学,2012年9月-2016年7月
工作经历
博士后:克莱姆森大学人类遗传学中心,2021年8月-2025年2月
助理教授:南方科技大学医学院,2025年2月–至今
获奖情况及荣誉
2015年 国家奖学金
2016年 北京市优秀毕业生
2018年 首届全球运筹学挑战赛季军
2020年 中国科学院数学与系统科学研究院院长奖学金特别奖
杂志编委会委员
担任 Nature Communications,Gigascience,Frontiers in Genetics 等学术期刊的审稿人。
近年代表文章
*为共同第一作者
Yuan, Qiuyue, and Zhana Duren. "Inferring gene regulatory networks from single-cell multiome data using atlas-scale external data." Nature Biotechnology (2024): 1-11. https://www.nature.com/articles/s41587-024-02182-7
Yuan, Qiuyue, and Zhana Duren. "Integration of single-cell multi-omics data by regression analysis on unpaired observations." Genome Biology 23.1 (2022): 160. https://link.springer.com/article/10.1186/s13059-022-02726-7
Fei Li*, Qiuyue Yuan*, Wei Di, Xinyi Xia, Zhuang Liu, Ninghui Mao, Lin Li, Chunfeng Li, Juan He, Yunguang Li, Wangxin Guo, Xiaoyu Zhang, Yiqin Zhu, Rebiguli Aji, Shangqian Wang, Xinyuan Tong, Hongbin Ji, Ping Chi, Brett Carver, Yong Wang, Yu Chen, and Dong Gao. ERG orchestrates chromatin interactions to drive prostate cell fate reprogramming[J]. Journal of Clinical Investigation, 2020. https://www.jci.org/articles/view/137967
Zhu, Yanjing*, Shijie Tang*, Qiuyue Yuan*, Jing Fu*, Juan He*, Zhuang Liu, Xiaofang Zhao et al. "Integrated characterization of hepatobiliary tumor organoids provides a potential landscape of pharmacogenomic interactions." Cell Reports Medicine 5, no. 2 (2024). https://www.cell.com/cell-reports-medicine/pdf/S2666-3791(23)00604-3.pdf
Xiaohan Shi*, Yunguang Li*, Qiuyue Yuan*, Shijie Tang*, Shiwei Guo*, Yehan Zhang, Juan He, Xiaoyu Zhang, Ming Han, Zhuang Liu, Yiqin Zhu, Suizhi Gao, Huan Wang, Xiongfei Xu, Kailian Zheng, Wei Jing, Luonan Chen, Yong Wang, Gang Jin & Dong Gao. "Integrated profiling of human pancreatic cancer organoids reveals chromatin accessibility features associated with drug sensitivity." Nature Communications 13.1 (2022): 1-16. https://www.nature.com/articles/s41467-022-29857-6
Qiuyue Yuan, and Yong Wang. 3Scover: Identifying Safeguard TF from Cell Type-TF Specificity Network by an Extended Minimum Set Cover Model[J]. iScience, 2020, 23(6): 101227. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004220304120
Meng Zou, Zhana Duren, Qiuyue Yuan, Henry Li, Andrew Paul Hutchins, Wing Hung Wong, and Yong Wang. "MIMIC: an optimization method to identify cell type-specific marker panel for cell sorting." Briefings in bioinformatics 22.6 (2021): bbab235. https://academic.oup.com/bib/article/22/6/bbab235/6309927?login=true
Guofeng Zhou, Shaoyan Sun, Qiuyue Yuan, Run Zhang, Ping Jiang, Guangyu Li, Yong Wang, and Xiao Li. "Multiple-Tissue and Multilevel Analysis on Differentially Expressed Genes and Differentially Correlated Gene Pairs for HFpEF." Frontiers in genetics 12 (2021). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8296822/
Jingxue Xin*, Hui Zhang*, Yaoxi He*, Zhana Duren*, Caijuan Bai*, Lang Chen, Xin Luo, Dong-Sheng Yan, Chaoyu Zhang, Xiang Zhu, Qiuyue Yuan, Zhanying Feng, Chaoyiing Cui, Xuebin Qi, Ouzhuluobu NA, Wing Wong, Yong Wang, and Bing Su. Chromatin accessibility landscape and regulatory network of high-altitude hypoxia adaptation[J]. Nature communications, 2020, 11(1): 1-20. https://www.nature.com/articles/s41467-020-18638-8