个人介绍：

宋毅，南方科技大学生科院博士生导师，独立课题组长，助理教授（副高）。2017年博士毕业于复旦大学生物化学系，从事植物逆境分子生物学研究；2017-2021年在英属哥伦比亚大学微生物与免疫系开展微生物组学研究（发表Nature plants两篇）。本课题组主要从事逆境下根系与微生物组有益互作的分子遗传学和生理生态学机制研究。以通讯作者发表Nature Communications（两篇），ISME journal，Science advances，iMeta, Plant Communications等研究论文。2024年入选深圳市优青。主持国家自然科学基金，广东省广创团队（核心成员），深圳市科创委稳定支持等项目。担任中国微生物学会微生物组专业委员会青年委员，中国土壤学会土壤生物与生化专业委员会青年委员。担任Current biology, Nature communications, ISME J, New phy和Molecular Plant等多个期刊审稿人，Molecular Plant-Microbe Interactions期刊编委（Associated Editor）。

研究领域：

从孟德尔时代开始，生命科学研究的范式在于解析基因型与表型之间的关联和机制。然而，近十余年微生物组学交叉学科的发展，使得人们认识到生命体的表型不仅受到自身基因的遗传调控，同时高等生命体普遍与复杂的微生物组共生。微生物组所蕴含的“第二基因组”中功能基因的数目是宿主自身的10-100倍之多，却是生命科学领域缺乏研究的“暗物质”功能基因集合。解析微生物组如何与宿主互作提升环境适应性，是生命科学领域的新兴前沿方向之一，也是推动微生物组技术在农业、环境和健康领域突破的理论根基。

本实验室聚焦植物与微生物组有益互作的分子遗传学和生理生态学机制。率先将正向遗传学筛选的研究体系引入根系与益生菌互作研究领域，促进和推动了根系微生物互作领域的研究范式从生理生态学相关性研究向分子遗传学机制性研究的转变（Nature plants，2021a，ESI高被引论文）。提出了干旱下根系可能也存在内源遗传信号调控抗旱菌群的重塑这一观点（Nature plants，2021b），应邀系统梳理了植物向菌群求救分子遗传学机制（iMeta，2022，期刊年度最佳综述论文）。随后，结合植物遗传学与整合多组学手段，系统证实了干旱下植物根毛发育的内源遗传信号参与塑造抗旱菌群（Nature communications，2024）；并且发现植物群体存在塑造“核心干旱响应微生物组”的进化保守性（ISME Journal，2025）。课题组构建了根系与微生物互作的高效研究体系，解析了根系与益生菌和病原菌差异化互作的单细胞图谱，揭示了根系与敌友互作的关键新途径（Nature communications，2025）。在此基础上将:1) 深入揭示根系免疫的调控机制和根系适应土壤高丰度微生物组环境的遗传机制;2)揭示根系微生物与宿主有益互作的分子遗传学与生理生态学机制；3）构建根系益生菌资源高效发掘利用的微生物组“仿生学”研究范式，指导农业益生菌资源高效挖掘利用。

代表性论文：

（论文更新请见个人主页）

通讯作者论文

[12] Pengfei Meng1#, Zhenghong Wang1#, Zheng Qu2#, ……, Song, Y.* Stress responsive phytohormone pathways are generally required for shaping drought-alleviating microbiome. Under review, 最后通讯作者（并列）

[11] Yang, Q., Li, Z., Guan, K., Wang, Z., Tang, X., Hong, Y., … & Song, Y.* (2025). Comparative single-nucleus RNA-seq analysis revealed localized and cell type-specific pathways governing root-microbiome interactions. Nature Communications, 16(1), 3169. 最后通讯作者 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40175371/ 

[10] Wang, Z., Li, Z., Zhang, Y., Liao, J., Guan, K., Zhai, J., … & Song, Y.* (2024). Root hair developmental regulators orchestrate drought triggered microbiome changes and the interaction with beneficial Rhizobiaceae. Nature Communications, 15(1), 10068. 唯一通讯作者 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39567534/ 

[9] Li, Z., Wang, Z.*, Zhang, Y., Yang, J., Guan, K., & Song, Y.* (2025). Identification of stress-alleviating strains from the core drought-responsive microbiome of Arabidopsis ecotypes. The ISME Journal, 19(1), wraf067. 最后通讯作者（本团队博士后为并列通讯）https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40200753/     

[8] Chen, N.,……,Song, Y.*, Li Y.* (2025).Autoinducing Peptides Regulate Antibiotic Production to Potentially Shape Root Microbiome. Science advances, 11(25): eadw5076. 并列通讯作者  https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adw5076 

[7] Zhenghong Wang, Song, Y.*. Toward understanding the genetic bases underlying plant‐mediated “cry for help” to the microbiota. iMeta e8，(2022). http://dx.doi.org/10.1002/imt2.8

[6] Xin, J., Zhou, Y., Qiu, Y., Geng, H., Wang, Y., Song, Y.*, … & Yan, K.* (2024). Structural insights into AtABCG25, an angiosperm-specific abscisic acid exporter. Plant Communications, 5(1). 并列通讯作者

第一作者论文

[5] Song, Y., Wilson A J, Zhang X C, et al. FERONIA restricts Pseudomonas in the rhizosphere microbiome via regulation of reactive oxygen species[J]. Nature plants, 2021, 7(5): 644-654.

(Commented by Molecular Plant/ Editor’s Highlight：FERONIA-Goddess Receptor in Plants)  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33972713/ 

[4] Song, Y., Haney C H. Drought dampens microbiome development[J]. Nature plants, 2021, 7(8): 994-995.

[3] Song, Y.,  Chuangwei Yang, Shan Gao, Wei Zhang, Lin Li, Benke Kuai. (2014). Age-triggered and dark-induced leaf senescence require the bHLH transcription factors PIF3, 4, and 5. Molecular plant, 7(12), 1776-1787.

[2] Song, Y., et al., “Molecular and physiological analyses of the effects of red and blue LED light irradiation on postharvest senescence of pak choi.” Postharvest Biology and Technology 164 (2020): 111155.

[1] Song, Y., #, Jiang, Y. #, Kuai, B., & Li, L. (2018). circadian clock-associated 1 inhibits leaf senescence in Arabidopsis. Frontiers in plant science, 9, 280. # equal contributions.